Su un totale di 347 laghi, solo il 20% raggiunge l'obiettivo di qualità per lo stato ecologico, il 48% dei laghi raggiunge quello per lo stato chimico. Dove sono collocati? I fiumi che a livello regionale raggiungono l’obiettivo di qualità buono si trovano nella Provincia di Bolzano (94%), Valle d'Aosta (88%), Provincia di Trento (86%), Liguria (75%); quelli con uno stato chimico buono superiore al 90%, si trovano in Molise, Piemonte, Valle d'Aosta, Liguria, Emilia-Romagna, Umbria, Marche, Lazio, Abruzzo e le province autonome di Trento e Bolzano.
Da segnalare l'alta percentuale dei corpi idrici lacustri non classificati (sia per lo stato ecologico sia per lo stato chimico), soprattutto nei Distretti Appennino Meridionale e Sicilia. Il Sistema Nazionale per la Protezione dell’Ambiente sta lavorando per implementare le attività sulle acque e rendere classificabile il maggior numero di corpi idrici.
I laghi che a livello regionale raggiungono un obiettivo di qualità buono sono in Valle d'Aosta (100%), Provincia di Bolzano (89%), Emilia-Romagna (60%); quelli con uno stato chimico buono per il 100% sono in Valle d'Aosta, Liguria, Emilia-Romagna, Abruzzo, Molise e nella Provincia di Bolzano.
Per ciò che riguarda le acque sotterranee, il 61% si trova in stato quantitativo "buono" e  il 58% in stato chimico buono.
Gli habitat marino costieri rappresentano ambienti estremamente importanti dal punto di vista ecologico e paesaggistico, ma allo stesso tempo sono tra gli ecosistemi più vulnerabili e più seriamente minacciati.
Nel quinquennio 2014-2017, più dell’89% delle acque costiere di balneazione risulta in classe eccellente; nel 2017 lo stato di qualità delle acque costiere di balneazione, in relazione ai fattori igienico sanitari, ricade in classe eccellente per l’89,7%, buona per il 5,4%.
Il Distretto della Sardegna presenta il 92% dei corpi idrici marino costieri uno stato ecologico "buono" e il 90% in stato chimico “buono”.
Restando in ambiente marino costiero, la presenza dell'alga tossica Ostreoptis ovata, nel 2017 è stata riscontrata in 10 regioni costiere; assente in Abruzzo, Emilia-Romagna e Veneto.